天柱山世界地质公园管理机构为天柱山地质公园管理委员会，是政府的派出机构，负责天柱山地质公园规划、管理、保护和建设工作2011年9月天柱山入选世界地质公园网络，次月天柱山管委会增设了地质公园（地质遗迹保护）管理办公室。

至2019年，天柱山管委会园区管理行政人员共41人，森林管理、巡护人员共140余人，经营管理人员共260余人，公园管理机构健全，职能明确，各项工作有序开展，其组织结构图如图。